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www.9934678.com2株溶血不动杆菌全基因组测序及生物信息学分析

发布日期:2019-11-05 01:20   来源:未知   

  溶血不动杆菌是一种需氧型、非发酵糖类的、www.9934678.com,具有溶血活性的革兰氏阴性菌,可引起肺部感染、泌尿系统感染、菌血症、心内膜炎和脑膜炎等。近几年,溶血不动杆菌因持续上升的耐药性受到临床关注,了解溶血不动杆菌的致病机理、耐药机制和流行病学具,有重要的临床意义。本研究中耐药型溶血不动杆菌W65和敏感型溶血不动杆菌H2063分离自天津医科大学第二附属医院,药敏试验验证了溶血不动杆菌W65对氟喹诺酮类、β-内酰胺类和氨基糖苷类抗生素耐药,溶血不动杆菌H2063属于药物敏感型菌株。利用Illumina Hiseq和Miseq测序平台以及PacBio RS II三代测序平台对2株菌进行全基因组测序;通过数据矫正和混拼,获得溶血不动杆菌W65全基因组序列;使用PCR和TA克隆技术,对溶血不动杆菌H2063进行缺口补平,scaffold数量降到四个。溶血不动杆菌W65基因组由一条长3,925,714bp的环状染色体及2个质粒;GC含量为39.72%,编码基因有3,568个,非编码RNA包含72个tRNA、1个sRNA和16个rRNA;包含携带的基因与毒力因子及代谢相关的11个基因组岛;包含blaOXA-214-like基因、aac(6’)-Ig基因、tet基因、sul2基因及三种药物外排泵(RND family、MATE family、MFS family)等耐药性相关基因,且包含4个衣霉素抗性蛋白,但耐药机制尚不清楚。溶血不动杆菌H2063菌株基因组GC含量为39.66%,3,384个编码基因,非编码RNA包含75个tRNA、6个sRNA和13个rRNA;18个假定基因组岛;14个耐药性相关基因,同样包含blaOXA-214-like基因、aac(6’)-Ig基因,以及两种药物外排泵(RND family和MATE family);两株菌均发现志贺毒素Stx 2编码基因。溶血不动杆菌W65成为目前首株全基因组序列拼接完成的溶血不动杆菌,将为研究溶血不动杆菌耐药机制和致病机理分析提供可靠信息,同样为其他溶血不动杆菌测序工作提供序列参考价值。

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